Nomenklatura dotycząca mapowania genomu
W artykule opisano specyficzną nomenklaturę dotyczącą mapowania genomu, która może być stosowana przez ośrodki diagnostyczne i badawcze w celu dokładnego raportowania swoich wyników. Międzynarodowa nomenklatura jest niezbędna, aby wyniki pacjentów były zrozumiałe dla różnych świadczeniodawców, a także dla jasnej komunikacji w publikacjach i spójności w bazach danych.
Walidacja analityczna optycznego mapowania genomu w nowotworach hematologicznych
Różnice strukturalne (SV) odgrywają kluczową rolę w patogeniczności nowotworów hematologicznych. Standardowe metody postępowania (SOC), takie jak kariotypowanie i fluorescencyjna hybrydyzacja in situ (FISH), które są stosowane na całym świecie od trzydziestu lat, mają znaczne ograniczenia pod względem rozdzielczości i liczby powtarzających się aberracji, które można jednocześnie ocenić. Technologie oparte na sekwencjonowaniu nowej generacji (NGS) są obecnie szeroko stosowane do wykrywania klinicznie istotnych wariantów sekwencji, ale ich zdolność do dokładnego wykrywania SV jest ograniczona. Optyczne mapowanie genomu (OGM) to nowa technologia umożliwiająca wykrywanie w całym genomie wszystkich klas SV ze znacznie wyższą rozdzielczością niż kariotypowanie i FISH. OGM nie wymaga ani hodowli komórek, ani amplifikacji DNA, co eliminuje ograniczenia związane z hodowlą i błędami amplifikacji.
Fluorescencyjne znakowanie dwuniciowego DNA specyficzne dla docelowej nickazy CRISPR-CAS9 D10A wykorzystywane w mapowaniu całego genomu i analizy zmienności strukturalnej
Opracowaliśmy nową strategię znakowania DNA specyficzną dla sekwencji, która radykalnie poprawi mapowanie DNA w złożonych i strukturalnie zróżnicowanych regionach genomu, a także ułatwi wysokowydajne, automatyczne mapowanie całego genomu. W metodzie tej wykorzystuje się białko Cas9 D10A, które zawiera mutację uniemożliwiającą działanie nukleazy w jednej z dwóch domen nukleazowych Cas9, w celu utworzenia nacięcia DNA ukierowanego na gRNA w kontekście złożonego in vitro kompleksu CRISPR-CAS9-DNA. Następnie włącza się fluorescencyjne nukleotydy w sąsiedztwie miejsca nacięcia za pomocą polimerazy DNA w celu wyznaczenia docelowych sekwencji określonych przez gRNA. Ta strategia znakowania jest bardzo skuteczna w celowaniu w powtarzalne sekwencje, jak również w kodowaniu kreskowym regionów genomowych i wariantów strukturalnych, których nie można zastosować w obecnych metodach znakowania, które opierają się na nierównym rozmieszczeniu motywów miejsc restrykcyjnych w DNA.